國民黨執政時代末期，高鐵行經南科引發的振動問題遲遲無法解決，造成幾家知名半導體廠商從南科撤資。政黨輪替之初，為解決台灣前所未有的減振工程問題，國科會決定把此案分為兩個標案處理，第一標案為「減振工法規劃案」招標，另一個標案「全面減振工程細部設計kah施工」，由五家投標廠商提送書面規劃進行初評，最後評選出二家入圍廠商進行現場減振工法測試，再遴選出最優廠商執行。
結果，鴻華公司雀屏中選，以八十億五千萬元得標，並由南科管理局發包工程，二○○四年十一月簽約後動工，全長四千多公尺，預定今年八月二十四日 完工。然而，同樣在第二階段入圍的永峻公司僅需十八．五億卻未得標，因此永峻公司採取行政訴訟並取得勝訴，而檢調自三月起也陸續以證人身分傳訊前三任國科會主委翁政義、魏哲和和吳茂昆，說明招標決策過程。對此，謝清志認為，此案應該是在野黨立委檢舉的，當時預算未通過，起因是前國民黨立委關沃暖藉機吵鬧、杯葛，後來預算雖通過了，但委員會有一個附帶決議，要檢調單位了解有無弊端，所以台南地檢署即展開調查。
謝清志強調，從最新出爐的測試報告來看，最初希望降低振動值到廠商期待的四十八ｄＢ（分貝），原本是不可能的任務，剛做時也以為不可能，但現階段已達成目標，包括距離二百公尺 廠址的振動值降九ｄＢ，已經達到；距離四百公尺 廠址振動值降六ｄＢ，目前已降十三ｄＢ，甚至超出目標；因此，以目前完成九○％工程而言，按契約規定，已達成預計目標，他呼籲社會還給工作團隊一個清白。
對於許鴻章曾經擔任總統府科技顧問召集人，是否跟得標有關聯，謝清志也提出澄清，他指出，許鴻章做此工作時已經不是總統府的顧問了。謝清志進一步說，他是成大土木系及台大土木系研究所畢業，所以現在這一輩土木工程的學者專家幾乎都和他有關係，不是同學，就是學弟，或者是同學的學生，所以評審委員當然多少都有一些關聯，但國科會不可能因為跟誰認識就把一個工法交給他做，是審查時看效果，要看誰有效果才會給誰做。
台灣高鐵，經過台南科學園區路段，因產生震動，可能影響包括台積電等廠商的晶圓生產過程，造成廠商不安。國科會主委謝清志，為推動台灣高鐵與台南科學園區，在該路段設計了減振工程，並發包給營造商鴻華聯合科技。他強調，高鐵減振工程是貢獻，不是醜聞，他不可能去貪這筆錢。
謝清志 謝 謝
