2008年3月27日，政黨再次輪替後一星期，中興大學吳明敏教授、前民進黨不分區立法委員和他的12位助理，收到南投地檢署寄發的「他字號」傳票，從此被捲入令人無法想像的司法黑幕當中。
4月8日吳明敏和助理們赴南投地檢署和調查站接受偵訊，當天，檢察官
劉景仁裁定，將吳明敏以20萬元交保。
2009年1月8日，檢察官依〈貪汙治罪條例〉第六條，將吳明敏起訴，求處5年以上有期徒刑，得併科新台幣三千萬元以下罰金。這個「烏龍冤案」的起訴時間點，選在除夕年前，讓他和家人，過了一個非常難過的農曆新年假期。
從第一次接受偵訊，到被起訴，吳明敏僅於2008年4月8日經檢察官簡短的一次問話就遭起訴。檢察官明知調查站的筆錄荒謬、關鍵處不具證據能力，卻是「照單全收」、對吳明敏所提「被證」完全不予查證、「被證」也被全部入庫未交給承審法官。
歷經大約一年半的時間，2010年8月31日，南投地方法院判決吳明敏「無罪」；2010年9月15日南投地院檢察官
蔣志祥將本案提起上訴。2011年1月31日，高等法院台中分院仍作了「上訴駁回」的判決；2月23日台中分院檢察官
王清杰再次提出上訴。
2012年1月14日，台灣舉行第13屆總統大選，選後約三週餘，2月9日，最高法院判決「上訴駁回」，全案定讞，本案纏訟前後四年。
本案被認定有「政治黑手介入」的原因，因為從接到約談通知和結案定讞，都在總統大選之後，都和政治期程緊密關聯，似非偶然。2008年台灣總統選舉，國民黨大勝，司法承辦人員或許是為了邀功，或許是有「上頭指示」，風厲雷行偵辦「民進黨貪污集團的成員」，連民進黨民代也不例外，吳案就將這樣的背景下發生。司法承辦人員，違法亂紀的事證相當明確，依法早應結案，卻拖延至2012年台灣總統大選之後，之所以未能於選前定讞，還吳的清白，似有為特定候選人護航的政治利益考量。
吳明敏被裁處交保之後，調查站的友人告訴他，一定要請「你們綠營的律師」擔任辯護人，讓他心裡產生了恐慌，讓他開始有「被政治迫害的聯想」。他原先以為司法迫害如天邊的彩虹，與他無關，可是這個案子的發生，讓他完全改觀，感到司法迫害遠在天邊，近在眼前，人人都要具備法律意識，也要有心理警覺，才能在這個亂世中保身平安。
吳明敏認為，如果沒有「政治黑手介入」，除了司法辦案人員和檢舉人「關係特殊」之外，辦案方式不可能如此不遵守程序正義、不可能如此違法亂紀。
整起事件起因於一群山地農民（部分因權屬文件遺失以致祖傳土地被編為國有地，但也不乏長期侵佔山林、租地不造林者，部分個案甚至已經由法院三審定讞），意欲透過組織向政府尋求解套，吳明敏身為執政黨不分區立委專家團體組農業唯一代表，責無旁貸，受邀諮詢，甚且提供學界資源。在協助行政單位與陳情農民過程中，他和專家學者均以國土之「永續經營」為最高之不可侵犯原則，詎料堅持理念的後果竟是讓自己掉入冤案的誣陷當中。
檢調為了入人於罪，偏執辦案的心態，真正令人心寒。在詢問室中，調查員於偵訊檢舉人及其證人時，穿梭其間，一再以「大哥長、大哥短」稱呼他們，烏龍辦案包括命令筆錄人做不實記載，對檢舉人及其證人前後矛盾的證詞一概忽略，教唆檢舉人及其證人作不實供詞，把自己的主觀推論記錄成被訊問人的回答，偽記且有利於吳教授的證詞不予記載，調查員還為每次詢問的結果定調，違法亂紀的行徑，令人匪夷所思。而偵訊前，調查站主任私下先赴檢舉人府上拜會，調查站於「場外」取得證據影本，也是法所不容。
檢察官的烏龍情形，不下於調查員，也是胡亂辦案的「高手」，包括不記載有利於吳教授的證詞，對檢舉人及其證人前後矛盾的證詞也予忽略，把自己的主觀推論記錄成被訊問人的回答等辦案作為，這些表現，和調查員的手法如出一轍。
檢察官將吳明敏起訴和上訴的理由有三點，卻是無中生有，羅幟而成，詳細剖析如下：
1、在吳敏明個人辦公室交24萬元現金，只有吳明敏、檢舉人及其證人三人在場，是辦案人員捏造出來的。
檢舉人曾經贊助由吳擔任理事長的臺灣農業產學聯盟募款餐會活動，款項均由檢舉人於助理辦公室交給助理，或直接匯入聯盟帳戶，此部分業經地檢署檢察官認定合法。
2007年10月25日，檢舉人白某赴調查站舉發曾交現金24萬元給吳的助理。12月28日，證人陳某在調查站的供詞和檢舉人口徑一致。
2007年12月28日，檢舉人在檢察署再次確認24萬元是交給助理。2008年1月23日，檢舉人及其證人陳某赴檢察署接受訊問，陳某再次確認檢舉人當場曾交付現金給助理，但是金額改口為「印象中大約是10幾萬元」，且說「我（陳某）沒有參與交付金錢的過程」。
2008年6月24日，在調查站，檢舉人再次說交給助理；和助理對質前，調查員安排檢舉人從旁先確認，檢舉人肯定說「對，錢都是她(吳的助理洪小姐)發落的」；隨後檢舉人和助理對質，謊言（24萬元現金是無中生有的）被刺破，改口說要問他的證人陳某；助理離開後，檢舉人隨即當場以手機與其證人對話，證人陳某仍然說是交給助理。此段內容錄影光碟明確清楚，但是筆錄一無記載，筆錄卻是一再出現偽記交給「吳明敏」，完全造假！當天詢問的最後，調查員則是以自問自答的方式將問話寫成檢舉人的回答：以「24萬交付予吳明敏」，為本案定調。
2008年6月24日，助理洪某多次向檢察官否認收到24萬元，白某在旁，聽聞助理的肯定供詞，隨後白某回答檢察官「庭上，我忘記了，真的我忘記了，要問陳錦○」。以上有利於吳清白的關鍵證詞，筆錄上完全沒有記載，若非出於刻意遺漏，難道可能疏忽至此地步？
2008年7月2日，在調查站，錄影光碟和法院勘驗光碟筆錄可稽，證人陳某根本沒有親口說出「（交給）吳明敏」三個字，筆錄卻多次造假，寫成交給「吳明敏」；最後竟然引申出「在小辦公室交付24萬現金給吳明敏」，是調查員自己寫的，卻紀錄成證人的回答。調查員甚至唆使證人陳某，等一下要跟檢察官做不實供詞「交錢在裡面（吳明敏個人小辦公室）」，證人馬上回話「在外面（助理辦公室）」。本段有利於吳的所有供詞，調查筆錄也是完全沒有記載。
2008年7月2日，在檢察署，證人陳某非常多次回答「錢（三周年慶募款餐會活動，合法的錢）交給助理、交錢在外面（助理辦公室）」，檢察官的筆錄完全沒有記載。「單獨辦公室」是檢察官的問話，筆錄記成：陳「是在吳明敏他的國會研究室內吳明敏自己單獨的辦公室內」(錄影光碟和法院勘驗光碟筆錄可稽)。檢察官將提問，紀錄成陳某的主動回答，檢調的「惡意紀錄」手法如出一轍。
2、10萬元是檢舉人設局陷害的， 2007年「7月」給錢是調查員講的，企圖合理化入人於罪的邏輯。將詢問人的問話紀錄成被詢問人的回答，或者直接明示給錢對象，再筆錄寫成被詢問人的回答，這種曲扭事實的手法，檢調辦案人員皆有採用。
吳明敏曾於2007年6月9日，邀集林務局林政組組長、專家學者10多位和白、陳兩人對話。由於白某一再質疑會議的效果，一味訴求政治、政策解套、就地合法，2007年7月上旬，劉玉山政委辦公室的秘書，來電希望我能幫忙促成墾農和行政院對話，吳乃而於7月15日邀集墾農連同學者專家約50位召開會議。6月9日和7月15日兩次會議均以臺灣農業產學聯盟名義發文，安排地質、環保、水土保持、農業經濟等專家學者與會。
2008年4月8日，調查員將問話「7月」交錢，曲扭寫成國會助理林某的回答，造假。事實上，4月8日當天林某回答「應該是8、9月間」；2007年11月14日，檢舉人白某於調查站也自己親口說「8、9月間」。調查員將日期提早為「7月」，企圖羅織入罪的合理邏輯。白陳兩位，於2007年7月15日、8月2日曾分別在臺中中興大學和臺北立法院和吳見面，若7月2日交錢，沒有道理不跟他說。檢察官不明究理，將調查員硬拗的「7月」，照單全收。
交10萬元之前，以及助理林某將錢寄回之後，檢舉人白某均疑似加以影印。在毫無前文之下，不知以何種方式將「錢用封條和橡皮筋綁起來的資料」交給調查站，筆錄完全沒有記載本段內容。
3、埔里服務處的用意，應是要將本案留在南投。
2007年10月25日，白某第一次赴調查站對吳舉發，11月14日，再次主動赴調查站見調查員，補充說明他曾提供自宅，免費作為吳的服務處。起訴書認定吳每月獲不當利益5,000元。前述「無中生有」的24萬元（現金）發生地點在臺北，「設局陷害」的10萬元在臺中，白某這次的補充舉發，唯一可以解釋的動機是，要將本案留在南投。
白某供述服務處是他主動提供，然而該處有3-4個其他單位在使用，其中之一原是「立法委員湯火聖服務處」，吳明敏由於是農業學者出身的不分區立委，不用選舉也沒有選民壓力，反而因為言論有說服力及形象普受肯定，是出於相信對方善意而接受，同意於該處改為掛上「立法委員湯火聖和吳明敏服務處」，希望有機會多服務農民。其實，吳並沒有任何辦公器材與助理進駐，亦一直未曾從該處接到任何服務案件。檢調認定他獲不當利得5,000元，完全昧於現實。
本案偵訊過程中，調查站集體犯罪、蠻幹硬拗，作法荒誕，檢舉人某一再供稱曾經捐現金24萬元，錢交給誰，何時何地等關鍵證詞始終無法合理交代，於偵訊「對質」時遭到吳助理洪小姐當場揭穿，心虛之下改口說要問他的證人，眼見無法一手遮天，便在辦案人員的「意旨」下被動更改給錢對象為「吳明敏」。
本案調查員蠻幹硬拗，手法荒誕，包括：筆錄記載不實；造假；對被告有利之關鍵證詞不予記載；教唆證人向檢察官作偽證；容許檢舉人及其證人當場以手機串供；穿梭於檢舉人和吳助理詢問室的調查員，指導檢舉人作不實供詞、命令筆錄人修改筆錄；自問自答寫成受詢問人的回答等，幫忙量身訂作入人於罪的口供等違法行為，確實是罄竹難書。且2007年6月24日檢舉人白某於調查站的光碟譯文筆錄274行，調查站僅記50行，實在誇張。
更加啟人疑竇的還有，調查站主任竟然於約談前親自到檢舉人家中；毫無前文之下，檢舉人10萬元用封條和橡皮筋綁起來的資料，竟然落在調查員手裡，何以如此？
南投地院
劉景仁檢察官，僅於2008年4月8日簡短詢問吳一次，就逕自起訴。而架構貪污案件所必需的「對價關係」，檢察官完全沒有傳訊任何一位可能被「施壓」的行政官員，也完全沒有核對過吳在公開場合的相關發言和論述。調查員將檢舉人所說的「請託」、「協調」，證人的供詞「連絡平台」，曲扭紀錄成「關說」，檢察官進一步自行創作成對林務局的「施壓」，律師要求調林務局的人來說明，林務局否認有這些事，可是並沒有被採信。。
檢察官對於刑事答辯狀所列舉的證人（官員、學者、墾農等），不僅從未傳喚或查證，檢察官對調查站筆錄內容的矛盾荒謬一概視而不見，甚至將有利澄清吳清白的供詞幾乎全數略過，2008年7月2日證人陳某的光碟譯文筆錄289行，檢察署筆錄僅23行。
檢察官也將提問，記錄成被詢問人的主動回答，檢察官試圖誘導並建構吳明敏不當的犯罪連結，明知檢舉人及其證人的證詞謊話連篇，無法自圓其說，仍以「有罪推定」方式辦案，筆錄記載非常不誠實。檢察官將吳提出的、有利於釐清案情的絕大部分「被證」入庫，未交給法官，就草率起訴。
檢舉人及其證人從未親口說出「交錢」在裡面，也未曾說過錢交給「吳明敏」三個字，最後檢察官卻以「在吳明敏個人小辦公室交錢給吳明敏，只有吳明敏、檢舉人及其證人三人在場」之理由起訴。檢察官的用心與西方中世紀的「獵巫心態」何異？
2008年6月24日於檢察署，訊問筆錄記明上午11時32分開始偵訊，錄影帶（光碟）顯示11時45分才開始，相差13分；7月2日12時34分，錄影帶（光碟）顯示12時42分，落差8分鐘。這13分鐘和8分鐘兩次「延遲訊問」，藏著什麼玄機？
本案一審起訴過程荒謬且理由牽強，當然無法說服地院法官作下有罪判決，可是南投地檢署
蔣志祥檢察官仍然提出上訴。蔣志祥檢察官從頭到尾均在現場共同勘驗錄音帶和錄影帶（光碟），他不難知道本案檢舉人及其證人之供詞「毫無信度」，也很清楚辦案人員「違法亂紀」，仍以幾近百分百抄襲原起訴書內容上訴，對辦案人員的違法行為故意輕忽，「官官相護」；對檢舉人及其證人的矛盾供詞，白紙黑字卻認為那僅是「些微出入」。
二審時，台中高院法官和
王清杰檢察官均沒有提出任何新事證，沒有額外的提問，兩次出庭皆在很短時間內即結束。二審上訴駁回，但高院王清杰檢察官竟然還是上訴，上訴書內容和地院檢察官所提完全相同，辦案如此之草率，官官相護，難道這就是「法治國」的官僚心態嗎？
一位畢生奉獻學術專業的教授、備受國會監督團體與同儕肯定的國會議員，在檢察官們輕筆一揮之下成為「貪腐政權的共犯結構」。真是這個時代荒謬錯亂的諷刺劇！被交保、起訴後，吳和辯護律師、學者專家訪問多位墾農和林務局官員等，並且向法院申請勘驗部分光碟，一點一滴拼湊出白陳二人串謀以及檢調違法亂紀的事實，令他震撼不已，當場向承審的法官說，他一定會出書，講出真相，因為21世紀的台灣，不應該發生這種事情，辯護人之一陳武璋律師說：「
執業20多年，未曾碰到如此膽大妄為的辦案行止。」
2012年2月底收到判決書後，吳明敏開始整理資料，將本案始末詳實記錄，為世人紀錄下彌足珍貴的司法資產，他的書內容豐富，讀者看完後可以發現，檢調烏龍辦案是怎麼一回事，他們為了打擊異己，如何製造司法界的大醜聞。無論如何，這個案子對吳明敏及其家人，造成傷害的傷害。尤其是，吳教授是母親的長子，唯一男丁，自幼表現，都是媽媽的驕傲，想到兒子可能入獄五年以上，老人家身心備受驚恐、受創之深，不難想像。
1925年出生的吳母，今年今年88歲，本案審理期間，老人家以耄耋之年受到極大的驚嚇，常在暮色時分看到她一個人連電燈也不開，窩在客廳沙發黝暗的角落，陷入憂患的愁思，蜷曲的身影變的好小、好瘦，讓人心疼。吳母拿著她收到的南投地檢署寄發的起訴書，憂心的指著其中引用〈貪污治罪條例〉第六條問道：「明敏啊！你是不是要被關五年？還要罰三千萬？房子是不是要賣掉？要不要找你妹妹們湊錢？」聲音低沈冷靜中強自壓抑的顫抖令吳明敏害怕，一連串的問題讓他心碎不已。
吳母經常屈身於佛龕之前跪求歷代祖先、觀世音菩薩，虔誠默禱，念念有詞，她是在為吳明敏祈福、消災，祈求祖先和菩薩保祐我、助他早日脫離這段劫難。她也車塵僕僕，到台中醒修宮、北港朝天宮、故鄉高雄彌陀清和宮等各地廟宇拜拜，並要吳明敏必須將平安符、平安項鍊等隨身攜帶。
很長的一段日子裡，吳明敏聽從母親的囑咐，每天早晚虔誠的向觀世音菩薩磕頭跪拜三次。每一次磕頭時，他都對菩薩說：「我的母親是個善良的人，她不應該因為我沒做的事情而遭受懲罰，請觀世音菩薩保佑母親身體平安地挺過這一關，健健康康地看到我得到清白！」
吳明敏身心受到打擊，成了司法迫害的無辜受害者，有形無形的損失，正是受害者的寫照。因為被交保，辯護律師認為檢察官的心證已成，認為可能會被起訴。由於擔心無法申請退休，甚至拿不到退休金，吳明敏接受辯護人的建議，匆忙自中興大學提早退休、也放棄月退俸的申請。且為確保退休金的取得，吳教授甚至曾經申請想於2008年5月提早退休，但由於違反8月1日退休的常態，未被教育部所接受。
被約訊、交保之後的第一個月，吳明敏須靠安眠藥才能入睡，口腔長出大血泡，身體爆瘦五公斤，經常心情恍惚，曾經後腦重落於地，造成腦震盪、頸部受傷。本案也甚至讓吳明敏萌生放棄他心愛的家人、農民和台灣，流亡海外的念頭。雖然是大學教授，也擔任過立法委員，然而吳明敏的法律知識和絕大部份的台灣人民一樣，相當薄弱。接到約談通知、被冤枉交保、被無理起訴，對他和他的家人而言，真的是「驚恐萬分、無語問蒼天」。面對無端的司法劫難，如暴雨狂風的肆虐摧折，其壓力之沈重、身心之煎熬，實難以言喻。
吳明敏強調，司法，應該是「正義的最後防線」，可是在台灣，司法不公不義，成了威權政權打壓異己的政治工具，「政治黑手介入」司法，應給予最嚴厲的譴責，對那些不當行為的執法者，應該盡速被處以適法的制裁，才能彰顯社會的正義與公道。
